- a -

• Agent() : Agent
• animation() : GraphRenderer
• ArrowShape() : ArrowShape

- b -

• Button() : Button

- c -

• calcSuccessorStates() : state
• calculate_score() : state
• colorlist() : colorlist
• colormap() : colormap
• consistent() : state

- d -

• deHoverFunc() : FuncArrowShape
• display_score() : GraphRenderer
• draw() : Slider
• drawText() : Slider

- e -

• Edge() : Edge
• eventHandler() : Button , GraphRenderer
• executePolicy() : Agent

- f -

• FuncArrowShape() : FuncArrowShape

- g -

• Gamemaster() : Gamemaster
• get_Button_Sprite() : Button
• getAnimate() : GraphRenderer
• getEdges() : Graph
• getEpisode() : Agent
• getKmers() : Gamemaster
• getNodes() : Graph
• getNumberOfNodes() : Graph
• getNumberOfSequences() : Graph
• getShape() : ArrowShape
• giveAssignment() : colormap
• giveList() : colorlist
• GraphRenderer() : GraphRenderer

- h -

• hasEdge() : state
• hoverFunc() : FuncArrowShape

- l -

• load_Texture() : Button

- m -

• makeGame() : Gamemaster
• Map() : colormap
• mutateDNA() : Generator

- o -

• operator==() : Node

- r -

• randomDNA() : Generator
• readFastaFiles() : Graph
• render() : GraphRenderer
• reset() : state
• resetGraph() : Graph

- s -

• select() : state
• setCoords() : ArrowShape
• setCoordsByPos() : FuncArrowShape
• setFunction() : Button
• setPosition() : Button
• setProps() : ArrowShape
• Slider() : Slider
• state() : state

- t -

• train() : TrainingSet

- u -

• update() : GraphRenderer
• updateAssignment() : colormap
• updateList() : colorlist
• updateSelectability() : state